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L’école thématique CYTOEXPERT 2022 est née du constat que la cytométrie en flux est une technologie qui se démocratise dans les laboratoires des sciences du vivant et des sciences de l’environnement, aussi bien en milieu marin qu’en eau douce. Dans le domaine océanographique, elle permet de déterminer les abondances des assemblages microbiens (virioplancton, bactérioplancton, phytoplancton, ), devenues des « core parameters » dans les campagnes océanographiques au même titre que les mesures de température, salinité, concentrations en nutriments, etc. 

Bonnes pratiques de gestion des données

Les données acquises sont généralement saisies dans des bases de données nationales qui répondent aux critères FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable). Cela nécessite de standardiser les données et les méta-données. Paradoxalement ce travail préliminaire fondamental est à peine en cours du fait de la prolifération des cytomètres et de la bancarisation récente des données de cytométrie dans les bases de données.

L’objectif de l’école thématique a été de former les utilisateurs qui effectuent eux-mêmes (ou envisagent de le faire) des mesures par cytométrie, ou interagissent avec les opérateurs de plateforme de cytométrie, aux bonnes pratiques en cytométrie (depuis le prélèvement jusqu’à l’analyse des échantillons), au vocabulaire standardisé, et au workflow des données depuis l’acquisition sur l’instrument jusqu’à la bancarisation dans les bases de données nationales (via le pôle ODATIS).

Le programme de l’école thématique a été réalisé par des experts nationaux en cytométrie en flux aussi bien conventionnelle (opérée en laboratoire, avec un personnel dédié) qu’automatisée (réalisée à bord de plateformes déployées in situ, de type navire ou mouillage, sans intervention humaine). La formation s’est déroulée à Marseille dans les locaux de la Station marine d’Endoume de l’Institut OSU Pytheas, avec une alternance de cours théoriques et pratiques sur 4 jours. Elle a été suivie dans son intégralité par les 20 participants sélectionnés et a fait l’objet d’une évaluation à la fin de la semaine. L’école, en format résidentiel a permis de structurer une communauté scientifique autour de cet outil qu’est la cytométrie en flux, de partager son savoir-faire, son expérience et d’améliorer la compréhension mutuelle des différentes disciplines présentes. Cet atelier est le fruit d’une réflexion du Comité d’experts scientifiques « Cytométrie en flux » du pôle de données ODATIS dont font partie les organisateurs et les intervenants de cette école thématique. Elle a bénéficié des soutiens financiers du CNRS (crédits formation et IRP DYF2M), de l'IR ILICO et de l'OFB (Projet CYFLAi) ainsi que du soutien logistique de l'OSU Pytheas et de l'Institut Méditerranéen d'Océanologie (plateforme PRECYM et SSLAMM).