CES Cytométrie en flux

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Le Consortium d’Expertise Scientifique (CES) Cytométrie en flux a été mis en place début 2020 afin de fédérer les acteurs scientifiques au niveau national, voire international, autour de la cytométrie en flux (CMF), technologie très largement utilisée de nos jours pour caractériser la structure des assemblages de micro-organismes planctoniques, aussi bien en milieu marin qu’en eau douce. La CMF permet de classer ces micro-organismes en différents groupes fonctionnels, définis chacun par des cellules aux propriétés optiques similaires, et d’en déterminer les abondances. En règle générale, ces groupes cytométriques appartiennent au pico- , nano- ou microphytoplancton, ainsi qu’aux virus, procaryotes et nanoflagellés hétérotrophes. Certains instruments sont également capables d’associer une prise de photo à l’analyse individuelle des cellules, offrant la possibilité d’une identification taxonomique supplémentaire.

Contexte : Le phytoplancton inféodé à la couche euphotique de l’Océan est responsable par la photosynthèse de la moitié de la production primaire annuelle globale. Le bactérioplancton hétérotrophe présent dans toute la colonne d’eau et la partie superficielle des sédiments est le principal responsable de la minéralisation de la matière organique et de la régénération des sels nutritifs indispensables au développement du phytoplancton en surface. L’ensemble de ces micro-organismes affecte les cycles du carbone, de l’azote, du phosphore et d'autres éléments clés. Indispensables au maintien de l’écosystème, ils sont toutefois très sensibles au changement de leur environnement, aussi bien dans l'océan côtier qu’en océan ouvert. Leur étude est donc fondamentale dans le contexte du changement global et de l’impact des activités anthropiques.

Objectif : L’objectif de ce CES, piloté par Gérald Grégori (MIO, CNRS), est de générer une initiative communautaire pour bancariser, partager et diffuser à l’échelle nationale et internationale les données de cytométrie en flux environnementales. Afin que ces données jouent leur rôle de levier pour la science et l’innovation, il est indispensable qu’elles soient facilement accessibles et réutilisables selon les principes FAIR. Il est également indispensable que ces données soient qualifiées et pour cela répondent aux protocoles d’analyse standardisés reconnus par la communauté.

Ce CES comporte trois groupes de travail (WP)  :

  • WP Vocabulaire : animé par Melilotus Thyssen (MIO, CNRS) et David Pecqueur (OOB, CNRS),
  • WP Chaîne de traitement des données de cytométrie : animé par Maurice Libes (O.S.U Pytheas, CNRS) et Marc Sourisseau (IFREMER),
  • WP Bonnes pratiques : animé par Felipe Artigas (LOG, ULCO), Christophe Lambert (LEMAR, CNRS)

Le CES aura aussi en charge d’identifier et promouvoir ces protocoles en réalisant une veille technologique grâce à des échanges d’informations avec la communauté. Il pourra également identifier les verrous ainsi que les outils susceptibles d’améliorer la procédure de génération ou de visualisation de ces données, et leur archivage sur des bases de données interopérables.