News

Informations générales

• Intitulé du stage : Extraction en ligne de produits satellitaires couleur de l’eau pour colocalisation avec mesures in situ multi-plateformes dans l’océan hauturier et côtier
• Lieu de travail : Ifremer (Plouzané, Finistère)
• Date de publication : Novembre 2025
• Type de contrat : Stage de Master  2,  de dernière année d’école d’ingénieur ou équivalent
• Durée du contrat : 5 à 7 mois
• Date d'embauche prévue : janvier ou février 2026
  Quotité de travail :Temps plein
• Rémunération : 650 euros par mois
• Niveau d'études souhaité : Bac +5 – Master 2, école d’ingénieurs en informatique, data science, géosciences marines, mathématiques appliquées
• Expérience souhaitée : Programmation en Python ou manipulation d’images satellitaires
• Personne(s) ressource(s) :
  • Encadrement Scientifique :  David Doxaran (LOV/CNRS) , Soutien: Raphaëlle Sauzède  (LOV/CNRS)
  • Encadrement technique : Jérôme Detoc (Ifremer – Ingénierie des Systèmes d’informations / Galaxy) ; Soutien : Gwenaël Caer (CDD Gaia Data  / VRE ODATIS) , Jean-François Piollé (Ifremer - LOPS), Denis Pailler (LOV/CNRS) et Cyril Germineaud (Directeur Technique, ODATIS)
• Candidature : envoyez CV + lettre de motivation en spécifiant le nom de l'offre de stage dans l'objet du mail, à Jérôme Détoc

Contexte de travail

Le pôle ODATIS de l’IR Data Terra contrôle la qualité des observations in situ et satellitaires de l’océan, archive ces données et les met à disposition de la communauté scientifique. Il propose également des outils en ligne permettant d’accéder à ces observations, de les analyser conjointement et d’en extraire l’information pertinente.

Parmi les observations satellitaires distribuées par ODATIS, la réflectance (couleur de l’eau) et la chlorophylle-a (proxy de la biomasse phytoplanctonique) nécessitent une validation régulière à l’aide de mesures in situ de haute qualité. Cette validation est coûteuse en temps de calcul et nécessite des outils de colocalisation performants, situés au plus près des données et des ressources de calcul.

Pour répondre à ces besoins, IFREMER a développé l’outil Felyx, dédié à la colocalisation et à la comparaison entre observations satellitaires et in situ (validation, quantification des incertitudes).

Le stage consistera à étendre Felyx aux produits issus des capteurs couleur de l’eau.

Cette nouvelle configuration sera testée et éprouvée à partir des mesures in situ provenant : 

• de l’océan hauturier, via les flotteurs-profileurs BGC-Argo
• de l’océan côtier, via les stations autonomes Hypernets.

La colocalisation portera notamment sur les produits :

• du capteur hyperspectral PACE-OCI (NASA),
• des capteurs multispectraux Sentinel-3A & 3B – OLCI (ESA),
• des produits ODATIS-Marine Reflectance (),
• des produits Ocean Colour CCI v5.0.

Les résultats permettront de quantifier les incertitudes associées à ces produits satellitaires et d’identifier des pistes d’améliorations des algorithmes de traitement.

Le pôle ODATIS développe par ailleurs des cas d’usages illustrant la réutilisation, la comparaison et la colocalisation de données marines issues de nombreuses plateformes et capteurs. L’un d’eux porte sur la colocalisation BGC-Argo / GlobColour CMEMS, dans le cadre des activités VRE.

La plateforme Galaxy fournit un environnement reproductible, traçable et modulaire pour l’exécution de workflows scientifiques. Son intégration dans les activités d’environnement de recherche virtuel(VRE) permet de mutualiser les traitements, d’harmoniser les chaînes de colocalisation et de faciliter leur déploiement sur différentes infrastructures de calcul (Datarmor, Data Terra). Galaxy offre également un cadre idéal pour partager, documenter et faire évoluer les pipelines collaboratifs développés par les pôles de données

Après le travail sur l’outil Felyx, le stage consistera 

1. Décliner un cas d’usage de colocalisation (BGC-Argo / couleur de l’eau) de JupyterHub vers Galaxy, avec une analyse comparative des deux environnements (benchmark).
2. Construire un workflow Galaxy opérationnel pour la colocalisation de cubes de données en support aux campagnes océanographiques du pôle ODATIS, avec une extension possible vers d’autres domaines (ex. sciences de l’atmosphère – pôle AERIS).

Existant technique

• Felyx – librairie Python pour la colocalisation satellite/in situ en géométrie complexe
• Pytcube – colocalisation sur données grillées
• Cas d’usage GAIA Data BGC-Argo / GlobColour :
  • https://gitlab.ifremer.fr/odatis-public/vre/use-cases/1_bgc_argo
  • https://odatis-public.gitlab-pages.ifremer.fr/vre/use-cases/1_bgc_argo/
• Travaux en cours : création d’un outil Galaxy pour Felyx (commande felyx-extraction fonctionnelle)

Missions principales

• Étudier les données couleur de l’eau, les données in situ BGC-Argo, et l’architecture actuelle de Felyx.
• Développer des configurations de Felyx pour les produits couleur de l’eau (OLCI, PACE-OCI, ODATIS-MR, OC5...).
• Tester les fonctionnalités avec des données réelles (BGC-Argo, Hypernets).
• Identifier les composants à encapsuler en tools Galaxy.
• Construire un workflow Galaxy connecté aux infrastructures de calcul de l’Ifremer réalisant la chaîne :  accès → colocalisation → validation → visualisation.
• Participer à la documentation technique (README, RO-Crate, WorkflowHub).
• Préparer la portabilité vers d’autres infrastructures de calcul

Activités principales

• Analyse et adaptation du code Python/Jupyter de Felyx.
• Manipulation des jeux de données in situ et satellite.
• Exercice dans l’océan ouvert et dans l’océan côtier (métropole) avec le produit ODATIS-MR - inclure la colocalisation à haute fréquence temporelle (journalier/mois)
• Développement et test des modules Galaxy.
• Exécution sur Datarmor et validation des résultats.
• Documentation et diffusion du workflow.

Profil recherché

Niveau de diplôme et domaine

• Étudiant(e) en Master  2, école d’ingénieur ou cursus équivalent en :
  • informatique, data science, mathématiques appliquées
  • océanographie, télédétection, avec compétences en développement.

Expérience 

Une expérience dans l’un des domaines suivants serait un atout :

• Traitement de données multidimensionnelles (Xarray, NetCDF, Dask) ;
• Développement Python ;
• Environnement Galaxy ou Jupyter ;
• Analyse de données océanographiques (Argo, Copernicus Marine, Hypernets).

Compétences techniques / métiers

• Python, Pandas, Xarray, Dask, Git
• Linux et environnement HPC (Datarmor)
• Galaxy / Docker
• Principes FAIR, RO-Crate
• Observation de l’océan et science ouverte

Qualités personnelles

• Goût pour le développement logiciel
• Motivation pour les environnements techniques
• Autonomie et sens du travail collaboratif
• Curiosité scientifique et rigueur

Autres informations

• Lieu : Ifremer – Centre de Brest (Plouzané)
• Télétravail : Non
• Durée : 5 à 7 mois (idéalement janvier à juillet 2026)
• Encadrement : Ifremer-IRSI-ISI en collaboration avec ODATIS / CNRS-LOV
• Livrables :
  • Extension couleur de l’eau de Felyx
  • Workflow Galaxy Datarmor interopérable avec Galaxy Data Terra
  • Rapport technique + paquet RO-Crate