Groupes de travail sur la gestion des données d’échantillons

Groupes de travail sur la gestion des données d’échantillons

A l’issue de l’atelier Odatis x PEPR GFM sur la gestion des données issues d’échantillons, trois groupes de travail ont émergés.

GT Développement d’un outil agrégateur des données de prélèvement à bord des navires de la flotte océanographique française

L’objectif de ce GT est de collecter les besoins des scientifiques utilisant les moyens de la FOF vis-à-vis d’un outil dit agrégateur, qui collecterait les données des cahiers de quart (plongée des engins sous-marins et travaux de bord) et permettrait l’ajout d’informations sur les échantillons et la génération de rapport de campagnes. Les données issues de cet outil pourront être récupérées pour bancarisation dans les bases dont la liste reste à définir. Le livrable de ce GT est d’aboutir à un cahier des charges dont la rédaction sera assurée par l’équipe du volet données du PEPR à partir des besoins exprimés par le GT. L’ergonomie et la simplicité d’utilisation de cet outil à destination de toute la communauté scientifique (inter-organisme) sont des priorités du développement.

L’atelier de septembre a mis en évidence la difficulté d’avoir un flux continu et homogène entre les logiciels embarqués sur les navires de la FOF et les bases de données institutionnelles, ce qui nuit à la traçabilité, à la bancarisation et à la conformité aux exigences réglementaires et FAIR. Les participants ont souligné les limites des outils actuels, la perte d’informations liée aux ressaisies multiples et le manque de référentiels communs entre communautés scientifiques. Les discussions ont convergé vers la nécessité de définir collectivement les besoins, d’harmoniser les métadonnées, de réfléchir à un outil agrégateur moderne et interopérable, et de constituer des groupes de travail transverses par type d’opérations afin d’élaborer rapidement un cahier des charges partagé.

La première réunion de ce GT à la suite de l’atelier s’est tenue le 20 novembre 2025. Les échanges ont confirmé les limites des outils actuels (Sealog, Casino, Mimosa), la nécessité de les faire évoluer et de disposer de lexiques communs pour structurer et automatiser l’agrégation des données. Le groupe a défini son organisation (réunions mensuelles, questionnaire de recueil des besoins, objectif de cahier des charges pour l’été 2026) et identifié les principaux enjeux techniques. Les prochaines étapes portent sur la consultation élargie des communautés via un questionnaire.

Liste des participants

GT Traçabilité des échantillons

L’objectif de ce GT est de mettre à profit les connaissances de ses membres pour produire un document sur les bonnes pratiques de traçabilité des données et des échantillons. Ce document pourra être utilisé comme recommandations pour les futurs projets du PEPR.

Lors de l’atelier de septembre, les échanges ont rappelé que la traçabilité des échantillons et des données, de l’acquisition à la diffusion, est essentielle pour garantir la qualité scientifique, la conformité réglementaire et le respect des principes FAIR. Les discussions ont mis en évidence de nombreux freins actuels, liés à la complexité des outils, au manque de temps et de moyens, à la faible reconnaissance de la gestion des données et à l’hétérogénéité des pratiques entre équipes. Les participants ont convergé vers plusieurs leviers d’action : renforcer la formation et l’accompagnement dès le doctorat, simplifier les outils, encadrer davantage la gestion et le dépôt des données, mieux valoriser les ressources et standards existants et encourager la mutualisation des bonnes pratiques. La création d’un groupe de travail dédié a été proposée afin de formuler des recommandations, réaliser un état des lieux des outils et pratiques, tester leur adéquation aux besoins des communautés et diffuser largement les résultats.

La première réunion de ce GT à la suite de l’atelier s’est tenue le 19 novembre 2025. Elle a mis en évidence le manque de visibilité sur les ressources de bonnes pratiques de traçabilité des échantillons et l’absence de cadre partagé pour décrire et suivre les échantillons. Les échanges ont souligné la nécessité de définir clairement ce qu’est un « échantillon » selon les disciplines, d’établir des typologies communes et de distinguer échantillons et sous-échantillons. Les discussions ont également porté sur les exigences en métadonnées (ENA, Athena, eDNA), les limites actuelles des identifiants et les difficultés de suivi lors des changements d’identification, avec un consensus sur l’intérêt de l’IGSN pour structurer une traçabilité parent-enfant tout au long du cycle de vie. Enfin, le groupe a identifié le besoin de mutualiser les ressources, de documenter les bonnes pratiques existantes et d’organiser le travail de manière collaborative et interdisciplinaire pour progresser vers une traçabilité plus robuste et harmonisée.

Liste des participants

  • Yacine Moufid (Ifremer)
  • Clémence Cotten (Ifremer)
  • Aurélien Schmith (Station biologique de Roscoff)
  • Clara Emery (Station biologique de Roscoff)
  • Mark Hoebke (Station biologique de Roscoff)
  • Christophe Scheffer (Ifremer)
  • Patrick Durand (Ifremer)
  • Antoine Daussin (Ifremer)
  • Claudia Ratti (MNHN)

GT Bancarisation des données d’échantillons de fluide (biogéochimie)

L’objectif de ce GT est de réaliser des tests de bancarisation des données d’analyse d’échantillons de fluide dans la base des campagnes de la FOF. Si les essais effectués avec les participants à ce GT sont concluants, il aboutira à la rédaction d’un guide de recommandations à destination des futurs projets du PEPR.

Lors de l’atelier de septembre, ce groupe thématique a permis de confronter les pratiques de différentes équipes et de mettre en évidence un manque de bancarisation et de diffusion des données physico-chimiques vers les circuits institutionnels. Les échanges ont montré que, bien que collectées et archivées localement, ces données ne sont pas systématiquement transmises au SISMER, limitant leur visibilité et leur valorisation. La présentation du cheminement complet des données, de l’acquisition à la publication dans les catalogues officiels, a clarifié les enjeux de traçabilité et d’intégration. À l’issue de la réunion, un accompagnement des équipes concernées a été acté afin d’intégrer les archives existantes et de garantir que les futures données suivent un flux standardisé, contribuant ainsi à une harmonisation durable des pratiques et à une meilleure diffusion des données.

La première réunion de ce GT à la suite de l’atelier s’est tenue le 2 décembre 2025. Elle a porté sur l’articulation entre la bancarisation des données physico-chimiques et celle des échantillons associés, en particulier pour les données issues de plongées et d’instrumentations spécifiques. Les échanges ont clarifié les rôles respectifs de la Banque de Physique-Chimie (données de rosette, capteurs, analyses d’eau) et de BIGOOD pour les métadonnées d’échantillons, ainsi que les contraintes de format, de vocabulaires et de contrôle qualité (SeaDataNet) nécessaires à l’intégration par le SISMER. Les participants ont souligné la complexité des jeux de données (mesures in situ vs analyses laboratoire, délais d’intégration, besoins de duplication de certains paramètres) et la nécessité de tests concrets sur des campagnes récentes afin d’évaluer les flux existants. Des actions opérationnelles ont été définies pour préparer des fichiers de référence, analyser les données LabCollector, faciliter l’accès aux outils et mieux documenter les pratiques, en vue d’une prochaine réunion destinée à consolider ces premiers essais.

Liste des participants

Pour prendre part à un (ou plusieurs) de ces groupes de travail, vous pouvez contacter Yacine Moufid (yacine.moufid@ifremer.fr) et Clémence Cotten (clemence.cotten@ifremer.fr)

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