Outils et logiciels

L'ensemble des données collectées via les différents services et réseaux d'observation nécessite une validation avant d'être utilisé et valorisé. L'expertise scientifique peut s'appuyer sur un ensemble d'outils et de logiciels, mis à disposition afin de traiter, comparer, extrapoler, visualiser et valider un ensemble de données afin que ces dernières puissent être valorisées dans des publications de recherche et des rapports ou être introduites dans des modèles (visualisation à long terme, prévision climatique, etc.). Parmi l'ensemble de ces outils et de logiciels, trois types sont mis à disposition dans le cadre du pôle ODATIS:

  • les logiciels regroupent un ensemble de programmes, de procédés et de règles de calcul formant une chaîne complète pour le traitement d'un ensemble de données. Ces derniers sont accessibles et téléchargeables en ligne,
  • les outils sont des éléments particuliers pouvant fonctionner sans logiciel et répondant à un besoin de traitement spécifiques. Ces derniers sont également accessibles et téléchargeables en ligne,
  • les outils en ligne sont identiques aux outils précédemment présentés à l'exception du fait que ces derniers ne peuvent être téléchargés et installés sur des serveurs privés. Ces outils permettent uniquement à l'utilisateur d'accéder et de visualiser les données et/ou des résultats obtenus à partir de la donnée en ligne.
TypeNomBrève descriptionFonctionLangageLicence
LogicielTOOTSEALogiciel de traitement et analyse de séries temporelles de mouillages océanographiques.Edition, correction, visualisation, statistiques, qualification, export de données issues de lignes de mouillage.MatlabCC BY-NC
 
 

TOOTSEA (Toolbox for Time Series Exploration and Analysis) est un logiciel Matlab, développé au LOPS, IFREMER. Cet outil est dédié à l'analyse de séries de données provenant d'instruments océanographiques amarrés (courantomètres, CTD, Thermistance, ...). TOOTSEA permet à l'utilisateur d'explorer les données et les métadonnées provenant de divers fichiers d'instruments, de les analyser à l'aide de plusieurs tracés et statistiques disponibles, d'effectuer des traitements/corrections et de qualifier (automatiquement et manuellement) les données, et enfin d'exporter le travail dans un fichier netcdfdoi 10.17882/59331. Plus d'information sur ce poster (2020): Traitement & analyse de séries temporelles de mouillages océanographiques.

 Format traité : NetCDF, capable de lire les fichiers venant de divers instruments (ADCP, CTD, ...)
LogicielCascade V7.0Chaîne d'analyse et de suivi de courantomètre acoustique doppler embarquéTraitement des données ADCP de coqueMatlabv.2008b
 Au travers du logiciel Matlab, Cascade permet le traitement et l'analyse des mesures d'ADCP de coque réalisé à l'occasion des campagnes hauturières ou des transits effectués en mer par les navires océanographiques de l'Ifremer, du SHOM et de l'IRD. Il permet le "nettoyage", la filtration et la visualisation sous différentes formes (vecteur, etc.) des données de courant.
 Format traité : NetCDF, TAR
 
LogicielTSG-QCThermoSalinoGraph - Quality ControlContrôle qualité interactif de données de température de surface et de salinitéMatlabv.2015b
 TSG-QC permet la visualisation des variables acquises par TSG (Seabird thermosalinograph) : température, salinité et vitesse du navire et leur comparaison avec des valeurs de climatologie. Ce logiciel a été conçu afin de faciliter le contrôle et la validation des données (attribution de codes qualité et application de critères de seuil), d'étalonner et de corriger les données acquises (estimation quantitative de la dérive du capteur et correction à partir de données indépendantes).
 Format traité : ASCII, NetCDF, SODA
 
Outil en ligneISAS-ViewerIn-situ analysis system - ViewerVisualisation des champs de température issus de l'analyse ISASPythonExécuté en ligne
 ISAS-viewer est un outil en ligne qui permet la visualisation en ligne des cartes horizontales d'un ensemble de variables déduites à partir des champs de température et de salinité produits par l'outil d'interpolation optimale ISAS. Cet outil permet également de visualiser les champs absolus ainsi que les anomalies relatives à une climatologie, et ce, à différents niveaux.
 
Outil en ligneLive access ServerVisualiser les données satellites d'altimétrie grillées (L4)Cartographier, comparerOpendap, FerretExécuté en ligne
 Le Live Access Server permet aux utilisateurs de : cartographier des données, demander des extractions d'un jeu de données dans différents formats, consulter des informations de référence (metadata) sur les jeux de données, comparer des jeux de données disponibles sur des différents serveurs distants, effectuer des statistiques de base (moyenne et variance) comme par exemple tracer une carte de courants moyens mensuels dans la zone que l'on souhaite.
 
LogicielPanoplyVisualiser tout type de données au format NetCDF, HDF et GRIB Java 
 Panoply permet de visualiser, cartographier des fichiers préalablement téléchargés ou à partir de serveurs distants (THREDDS, Opendap), consulter des informations de référence (metadata) sur les jeux de données, exporter en KMZ, faire des animations au format MP4.
 
OutilNetCDF Operator NCOManipuler des fichiers NetCDF et HDF   
 NCO regroupe un ensemble de commandes en ligne à exécuter permettant de consulter et modifier des informations de référence (metadata) sur les jeux de données, d'effectuer des calculs sur les variables contenues dans le fichier (moyenne par exemple), d'imprimer, d'exporter les valeurs de ces fichiers.
 
Outil en lignePangeoCalculs, données volumineuses   
 Environnement et outils d'analyse open source pour les données volumineuses en géosciences. Pangeo est avant tout une communauté de personnes travaillant en collaboration pour développer des logiciels et des infrastructures permettant le développement du Big Data. Parmi les produits réalisés par cette communauté, on trouve des logiciels interconnectés et des déploiements de ces logiciels dans des environnements de cloud computing et de calcul haute performance. Pangeo comprend des outils tels que xarray, iris, dask, jupyter ...
 
Outil en ligneSeascopeVisualiser, manipuler, éditer des fichiers de formats divers   
 SEAScope est une application de visualisation et d'analyse 3D de données satellitaires, in situ et modèles numériques. Le visualisateur offre des fonctionnalités avancées qui facilitent la détection des synergies entre plusieurs sources d'observations ou simulations. Une extension Python permet de contrôler le viewer à distance, de créer des scripts d'animation et de diffuser des données.
 
LogicielParaviewVisualiser, manipuler, éditer des fichiers de formats divers   
 ParaView est un logiciel libre pour la visualisation des données en 2 et 3 dimensions, conçu pour être exécuté aussi bien sur des environnements Windows ou Unix. Les formats de données pris en compte sont très variés. Une interface utilisateur graphique très modulable permet d'éditer plusieurs graphiques simultanément: vues cartographiques 2D/3D et, en même temps, des graphiques adjacents en 2D. Pour des processus récurrents ou du post-traitement des données, une interface adjacente permet la création et l'exécution de scripts en Python.
 

Exemple de visualisation avec le logiciel Paraview