Référentiels et vocabulaire

Description des paramètres mesurés

Pour la description des paramètres mesurés, plusieurs référentiels SeaDataNet sont utilisés avec leurs vocabulaires associés. Ainsi, pour un paramètre donné, il est nécessaire de trouver sa discipline (P08) puis sa catégorie (P03), son paramètre de découverte (P02) et enfin son vocabulaire propre (P01).Plus d'information dans la présentation de M.Fichaut (pdf).

  • le P08 pour la discipline du paramètre (12 Sélections Possibles),
  • le P03 pour la catégorie du paramètre (76 Sélections Possibles),
  • le P02 pour faciliter la découverte de paramètres (462 Sélections Possibles)
  • le P01 rassemble le vocabulaire pour chaque paramètre (42911 Sélections Possibles)


Un paramètre est défini par un vocabulaire contrôlé et par un modèle sémantique (définis dans SeaDataNet depuis 2004). Ce modèle et ce vocabulaire ont été adoptés par plusieurs projets (nationaux et européens) pour faciliter l’échange de donnée et de créer de l’interopérabilité entre les différents projets. Il est nécessaire de bien comprendre le modèle sémantique adopté par SeaDataNet (provenant du British Oceanographic Data Centre -BODC) ainsi que ses composants, sa structure et sa logique pour arriver à trouver aisément le vocabulaire associé aux paramètres recherchés.

Le modèle sémantique pour le P01 est constitué de 3 éléments principaux :

  • une propriété quantitative ou nominative d’une entité (concentration, abondance,…) (« property »),
  • une entité physique, biologique ou chimique (« object of interest »),
  • une entité environnementale à laquelle l’entité physique, bilologique ou chimique se rapporte ou dans laquelle elle est intégrée (colonne d’eau, sédiment,…)(« Matrix »),
  • des champs optionnels (« statistical qualifier, sample preparation, analytical method, processing method »).

Le nom du paramètre est structuré de la façon suivante :
<Property> {statistical qualifier} <object of interest> <Measurement to Matrix relationship> <Matrix> {optional fields}
ex : <Concentration>{standard deviation} of <ammonium{NH4 + CAS 14798-03-9}><per unit of mass of the> <water body> [dissolved plus reactive particulate].

Pour chaque élément constitutif du modèle sémantique, un vocabulaire est associé et il est disponible sur le site de SeaDataNet.

Il est aussi possible de visualiser le contenu des vocabulaires au travers du site web vocab.nerc.ac.uk pour le P02 par exemple, pour changer de référentiels il suffit de changer le P02 de ce lien vocab.nerc.ac.uk/collection/P02/current/.

Outils

Librairie Java 1.8 est un logiciel développé par l’IFREMER qui permet de stocker localement la liste des vocabulaires et de mettre à jour ces listes sur demande.
 

Recommandations du pôle Océan ODATIS pour les CDS

Extrait du Cahier des Charges des CDS (lien vers ce pdf pour le visualiser dans son intégralité )

Au sein des métadonnées de découverte :

  • Variables  observées : Essential  Ocean  Variables  (EOV) (plus d'information sur le site de GOOS), éventuellement affinées par les paramètres P02 SeaDataNet.
  • L’utilisation des codes EDMO (European Directory of Marine Organizations) est recommandée pour identifier les parties prenantes, les producteurs de données en particulier (lien vers EDMO sur le site de SeaDataNet).

Au sein des fichiers (métadonnées d ’usage) :

  • Convention CF pour les fichiers NetCDF, complétée le cas  échéant (données chimiques en particulier) par le vocabulaire SeaDataNet P01
  • Variables observées / Unités / Méthodes : Vocabulaire SeaDataNet P01; plus d'information sur le site SeaDataNet.
  • Taxonomie : l'identification des espèces (et d’une manière  générale des taxons) utilise la taxonomie  WoRMS (World  Ocean   Registery   of   Marine   Species,  voir le site de WoRMS ).  La  création  de  taxons  temporaires (nouvelle espèce, groupes morphologiques ...)  est autorisée sous réserve d’un accord des parties prenantes.