Détails de l'évènement

ecoinfo-fair : écoinformatique FAIR par la pratique

Dans le cadre de l'infrastructure de recherche "Pôle national des données de biodiversité", une formation avec présentations et ateliers est organisée sur la FAIRisation de la donnée en écologie et biodiversité, les 6-8 nov. 2019 à Concarneau (Finistère).

 

le pôle national des données de biodiversité PNDB organise une formation avec présentations et ateliers sur la FAIRisation de la donnée en écologie

Le PNDB organise des formations introductives à la station marine de Concarneau du 6 au 8 novembre. Le programme complet et l'inscription à l’évènement sont disponibles au lieu suivant sur le site dédié.

La première journée du 6 novembre (10h30 - 18h) sera dédiée à une introduction de type séminaire de 11h à 12h et à des formations introductives sur les sujets proposés : 

  • Bonnes pratiques de travail avec R, initiation à l'utilisation de git et GitHub
  • Initiation à l'utilisation de Docker
  • Initiation au développement d'outils Galaxy à partir de scripts R
  • Initiation au développement de package conda à partir de packages R

Les journées du 7 novembre (9h-18h) et du 8 novembre (9h-14h) seront dédiés aux ateliers de travail. Les participants choisissent leurs sujets de développement sur lesquels ils souhaitent travailler durant les 2 jours et/ou les compétences et/ou envies d'aider certains pour leurs projets. Une liste de sujets "chapeaux" d'intérêt est proposée ci-dessous : 

  • Création de scripts R,
  • Développement d'applications Shiny,
  • Mise à disposition d’applications Shiny par le web (via ShinyProxy notamment),
  • Création de packages conda,
  • Passage de scripts R / application Shiny (ou autre) en containers,
  • Développement de scripts de visualisation (notamment SIG),
  • Création d'outils Galaxy depuis scripts R,
  • Travail autour des métadonnées (amélioration outils, hacks, amélioration de descriptions de métadonnées) et notamment autour du standard EML (Ecological Metadata Language) et/ou compendium,
  • Création de matériels de formation / tutoriels / ...